มหาวิหารประดิษฐานพระไตรปิฎกหินอ่อน ตั้งอยู่บริเวณเกาะหลังองค์พระประธานพุทธมณฑล บนเนื้อที่ ๙ ไร่ เนื่องจากได้มีการจัดสร้างในสมัยรัชกาลที่ ๙ เป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก ลักษณะอาคารเป็นรูปแบบสถาปัตยกรรมไทย รูปทรงจตุรมุขทั้ง ๔ ทิศ มีพระเจดีย์มหารัชมังคลาจารย์อยู่ตรงกลาง โดยมีพระเจดีย์ ๙ ยอดรายล้อมอยู่ ภายในเจดีย์แต่ละองค์ประดิษฐานพระบรมสารีริกธาตุ พระธาตุพระสารีบุตรเถระ พระธาตุพระมหาโมคคัลลานะเถระ พระธาตุพระสีวลีเถระ และพระผงวัดปากน้ำ
        ภายในมหาวิหารประดิษฐานแผ่นหินอ่อน จารึกพระไตรปิฎก ๑,๔๑๘ แผ่น ที่จารึกพระไตรปิฎก ๘๔,๐๐๐ พระธรรมขันธ์ ถือเป็นพระไตรปิฎกหินอ่อนที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในโลกและมีจำนวนมากที่สุดในโลก นอกจากนี้ยังมีภาพพุทธประวัติ ทศชาติชาดก และการสังคายนาพระไตรปิฎกอยู่ด้านบนเพดานมหาวิหารโดยรอบ เริ่มก่อสร้างในปีพุทธศักราช ๒๕๓๒ จนแล้วเสร็จในปีพุทธศักราช ๒๕๔๑ พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ในขณะดำรงพระอิสริยยศสมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ ในพิธีเปิดและสมโภชมหาวิหารประดิษฐานพระไตรปิฎกหินอ่อนเมื่อวันที่ ๑๘ มกราคม พุทธศักราช ๒๕๔๒ ในการจัดสร้างนี้วัดปากน้ำและสมาคมศิษย์หลวงพ่อวัดปากน้ำ ภาษีเจริญ ร่วมกันบริจาคเงินในการจัดสร้างเพื่อเฉลิมพระเกียรติ และถวายเป็นพระราชกุศลแด่พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ในหลวงรัชกาลที่ ๙ เนื่องในวโรกาสทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ ๕ รอบ



พระไตรปิฎก หรือคัมภีร์ทางพระพุทธศาสนา แบ่งเป็น 3 ปิฎก คือ
1. พระวินัยปิฎก ว่าด้วยวินัยหรือข้อบัญญัติเกี่ยวกับความประพฤติ ความเป็นอยู่ ขนบธรรมเนียม และการดำเนินสังฆกิจต่าง ๆ ของพระภิกษุสงฆ์และภิกษุณีสงฆ์
2. พระสุตตันตปิฎก ว่าด้วยสูตรหรือพระธรรมเทศนาที่ตรัสแก่บุคคลต่าง ๆ เป็นคำสนทนาโต้ตอบบ้าง การบรรยายธรรมบ้าง หรือร้อยกรองบ้าง ร้อยแก้วบ้าง ร้อยแก้วผสมร้อยกรองบ้าง ตลอดถึงเทศนาของพระสาวกองค์สำคัญ ๆ บางรูป
3. พระอภิธรรมปิฎก ว่าถึงหลักธรรมต่าง ๆ ที่อธิบายด้านวิชาการล้วน ๆ ไม่เกี่ยวด้วยบุคคล หรือเหตุการณ์ส่วนมาก เป็นคำสอนด้านจิตวิทยา และอภิปรัชญาในพระพุทธศาสนา ซึ่งเป็นพระพระไตรปิฎกหินอ่อนที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในโลกและมีจำนวนมากที่สุดในโลก นอกจากนี้ยังมีภาพพุทธประวัติ ทศชาติชาดก และการสังคายนาพระไตรปิฎกอยู่ด้านบนเพดานมหาวิหารโดยรอบ