สมเด็จพระพุทธชินวงศ์ ประธานคณะกรรมการอำนวยการอนุรักษ์และพัฒนาพุทธมณฑลฝ่ายสงฆ์และประธานดำเนินการสร้างอาคารปฏิบัติธรรมโพธิญาณมหาวิชชาลัย มีดำริสร้างอาคารถาวร เพื่อสามารถรองรับคณะสงฆ์จากทั่วประเทศและสาธุชนที่จะเข้าปฏิบัติธรรม โดยสร้างเป็นอาคารขนาดกว้าง ๕๐ เมตร ยาว ๑๐๐ เมตร ๒ ชั้น ดังนี้   
        • ชั้นบน ประกอบด้วย ห้องพักพระวิปัสสนาจารย์ ห้องประชุมย่อย ห้องพักพระมหาเถระ มีห้องน้ำในตัว และห้องโถงใหญ่เพื่อใช้เป็นสถานที่ปฏิบัติธรรม สามารถอำนวยความสะดวกต่อผู้เข้าปฏิบัติธรรมได้ครั้งละ ๓,๐๐๐ รูป/คน
        • ชั้นล่าง ประกอบด้วยห้องพักจำนวน ๒๘ ห้อง พักได้ห้องละ ๕๐ รูป/คน มีห้องน้ำจำนวน  ๔๐๙ ห้องแบ่งเป็นโซนบรรพชิต และโซนฆราวาส พร้อมทั้งมีอุปกรณ์อำนวยความสะดวกครบ
        “อาคารปฏิบัติธรรมโพธิญาณมหา วิชชาลัย” เป็นชื่อของอาคารปฏิบัติธรรมแห่งนี้ โดยได้อัญเชิญนามเทียบเคียงจากบทพระราชนิพนธ์ เรื่องพระมหาชนกในพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพล อดุลยเดช บรมนาถบพิตร ตอนที่ทรงคิดวิธีพัฒนาต้นมะม่วงและทรงตั้งมหาวิทยาลัย ชื่อ “โพธิยาลัยมหาวิชชาลัย” หรือ “ปูทะเลมหาวิชชาลัย”เพื่อให้การศึกษาแก่พสกนิกร
        อาคารปฏิบัติธรรมโพธิญาณมหาวิชชาลัยแห่งนี้ เป็นสถานที่สัปปายะต่อการปฏิบัติธรรมอย่างยิ่ง ได้รับบริจาคงบประมาณในการก่อสร้างจากคณะสงฆ์หนกลาง ๒๓ จังหวัด และสาธุชนผู้มีจิตศรัทธา ใช้งบก่อสร้างทั้งสิ้นเป็นจำนวนเงิน ๑๐๘ ล้านบาท
        วัตถุประสงค์ในการสร้างอาคารปฏิบัติธรรมโพธิญาณมหาวิชชาลัยนั้น เพื่อถวายเป็นพระราชกุศลแด่พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร รัชกาลที่ ๙ ดำเนินการตามนโยบายการอนุรักษ์และพัฒนาพุทธมณฑล ให้พุทธมณฑลเป็นศูนย์กลางในการปฏิบัติธรรมของคณะสงฆ์และพุทธศาสนิกชน เป็นสถานที่ในการจัดกิจกรรมด้านการเผยแผ่พระพุทธศาสนา เพื่อให้เป็นศูนย์กลางทางพระพุทธศาสนาของประเทศไทยและของโลก